<div dir="ltr">I tried booting Alec&#39;s VM with &#39;apparmor=0&#39; set, and it made no difference.  I&#39;m also not seeing any &quot;permission denied&quot; type errors, which would be typical if AppArmor were the culprit.  I&#39;m starting to suspect an issue with tsdb, since there are no error messages at all, but I don&#39;t know enough about its internals to diagnose it.</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Sep 8, 2014 at 4:39 PM, CLMS help (David Brodbeck) <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:linghelp@uw.edu" target="_blank">linghelp@uw.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">It&#39;s probably an AppArmor problem.  I thought I&#39;d disabled it in recent builds but it may not have worked.  If you&#39;re comfortable changing kernel boot parameters, try adding &#39;apparmor=0&#39; and see if that helps.</div><div class="gmail_extra"><div><div class="h5"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Sep 8, 2014 at 3:02 PM, Emily M. Bender <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:ebender@uw.edu" target="_blank">ebender@uw.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">[Again, adding developers back to the cc.]<div><br></div><div>Joshua, I think you just established that there&#39;s nothing wrong with the skeleton, but that&#39;s not too surprising.  The problem seems to be with [incr tsdb()]&#39;s ability to &quot;see&quot; certain directories on the UbuntuLKB distro.  I&#39;m cc-ing David B. in the hopes that he might have some time to look at this with Alec and/or some ideas.</div><div><br></div><div>Emily</div><div><br></div><div><div><br></div><div><br></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sun, Sep 7, 2014 at 9:33 AM, Alexander Sugar <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:sugara@uw.edu" target="_blank">sugara@uw.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Joshua,<br>
<br>
     Somehow in updating my VirtualBox, I lost previous test suite<br>
instances. If I point my database root at the opt/delphin/... path<br>
that&#39;s set as a default, I am able to see those profiles in the podium<br>
after I create them (and I get the same &quot;unable to write history file<br>
message&quot;, so that&#39;s definitely not the issue).<br>
<br>
    I&#39;m using version 2.0 (16-jun-13; beta) of [incr tsdb()] on UbuntuLKB 17.<br>
<div><div><br>
- Alec<br>
<br>
On 9/6/14, Joshua Crowgey &lt;<a href="mailto:jcrowgey@u.washington.edu" target="_blank">jcrowgey@u.washington.edu</a>&gt; wrote:<br>
&gt; Hi Alec,<br>
&gt;<br>
&gt; I doubt that .tsdb_history is the issue.  In Unix-like systems, many<br>
&gt; programs will store config info or other user-settings in files that<br>
&gt; start with &quot;.&quot; in the user&#39;s home directory.  If you say (in a shell):<br>
&gt;<br>
&gt; $ ls -la ~/<br>
&gt;<br>
&gt; You&#39;ll see several such files, probably at least .emacs, .bashrc.  In my<br>
&gt; own system, I suppose that .tsdb_history stores your tsdb commands so<br>
&gt; that (maybe?) you can press &quot;up&quot; and see the previous command, or<br>
&gt; something like that.  I found a .tsdb_history with these lines:<br>
&gt;<br>
&gt; jcrowgey@citrus:~$ cat .tsdb_history<br>
&gt; do &quot;/tmp/.tsdb.io.jcrowgey.11333.118378&quot;.<br>
&gt; do &quot;/tmp/.tsdb.io.jcrowgey.11333.118384&quot;.<br>
&gt;<br>
&gt; Because I&#39;ve restarted my system since I last used tsdb, the /tmp<br>
&gt; directory has been cleared and I&#39;m not sure what was in those<br>
&gt; /tmp/.tsdb.io.jcrowgey.* files.   My guess is those were a record of my<br>
&gt; sessions this morning when I was playing around with your item and<br>
&gt; relations files.<br>
&gt;<br>
&gt; Anyway, the fact that the files were created is interesting, I think.<br>
&gt; It suggests that tsdb can create the new files, but we still don&#39;t know<br>
&gt; why it can&#39;t read those files and display them in the podium.<br>
&gt;<br>
&gt; This makes me thing of another troubleshooting/debugging test.  Can you<br>
&gt; see other existing testsuite instances?  That is, if you already had a<br>
&gt; profile with results and such, and you point your database root at that<br>
&gt; dir, do those profiles show up in the podium?<br>
&gt;<br>
&gt; Sorry I don&#39;t really have good answers for you.  I just thought I&#39;d jump<br>
&gt; in and give you some stuff to try out.  By the way, are you using the<br>
&gt; knoppix+lkb distro?  What are the details of your platform?<br>
&gt;<br>
&gt; --Joshua<span><br>
&gt;<br>
&gt; On 09/06/2014 05:53 PM, Alexander Sugar wrote:<br>
&gt;&gt; Hi Joshua,<br>
&gt;&gt;<br></span>
&gt;&gt;       I think the reason I didn&#39;t see anything printed out in emacs<br>
&gt;&gt; was because I had previously &#39;created&#39; an instance. When I cleared out<br>
&gt;&gt; the files inside of the home folder, I saw the same lines printed as<br>
&gt;&gt; you, except in the end:<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; initialize(): creating empty data file for `score&#39;.<br>
&gt;&gt; main(): no history file `.tsdb_history&#39;.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; And of course no instance showed up in the podium. I&#39;m guessing the<br>
&gt;&gt; &#39;.tsdb_history&#39; line is the source of the problem. Is there a quick<br>
&gt;&gt; fix for it? If so, that&#39;s great but I&#39;m sorry to have put you through<br>
&gt;&gt; so much trouble just now...<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; - Alec<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; On 9/6/14, Joshua Crowgey &lt;<a href="mailto:jcrowgey@u.washington.edu" target="_blank">jcrowgey@u.washington.edu</a>&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;&gt; Hi Alec,<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; I put your item and relations files into a dir and pointed my itsdb at<br>
&gt;&gt;&gt; them and as far as I can tell, they loaded without a problem---ie, tsdb<br>
&gt;&gt;&gt; was able to create a new instance and I see it appear in the podium<br>
&gt;&gt;&gt; window.<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; As to stderr, I think if you start tsdb in emacs then all of the<br>
&gt;&gt;&gt; messages get printed there.  When I click to create a new instance of<br>
&gt;&gt;&gt; your item and relations files, I see:<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; LKB(2): initialize(): creating empty data file for `analysis&#39;.<br>
&gt;&gt;&gt; initialize(): creating empty data file for `phenomenon&#39;.<br>
&gt;&gt;&gt; initialize(): creating empty data file for `parameter&#39;.<br>
&gt;&gt;&gt; initialize(): creating empty data file for `set&#39;.<br>
&gt;&gt;&gt; initialize(): creating empty data file for `item-phenomenon&#39;.<br>
&gt;&gt;&gt; initialize(): creating empty data file for `item-set&#39;.<br>
&gt;&gt;&gt; initialize(): creating empty data file for `run&#39;.<br>
&gt;&gt;&gt; initialize(): creating empty data file for `parse&#39;.<br>
&gt;&gt;&gt; initialize(): creating empty data file for `result&#39;.<br>
&gt;&gt;&gt; initialize(): creating empty data file for `rule&#39;.<br>
&gt;&gt;&gt; initialize(): creating empty data file for `output&#39;.<br>
&gt;&gt;&gt; initialize(): creating empty data file for `edge&#39;.<br>
&gt;&gt;&gt; initialize(): creating empty data file for `tree&#39;.<br>
&gt;&gt;&gt; initialize(): creating empty data file for `decision&#39;.<br>
&gt;&gt;&gt; initialize(): creating empty data file for `preference&#39;.<br>
&gt;&gt;&gt; initialize(): creating empty data file for `update&#39;.<br>
&gt;&gt;&gt; initialize(): creating empty data file for `fold&#39;.<br>
&gt;&gt;&gt; initialize(): creating empty data file for `score&#39;.<br>
&gt;&gt;&gt; close-connection():<br>
&gt;&gt;&gt; `/home/jcrowgey/Desktop/alexsugar/tsdb/anonymous/alex/14-09-06/lkb1/&#39;<br>
&gt;&gt;&gt; expiry<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; You don&#39;t see anything happening there, eh?  I&#39;m not sure it would help,<br>
&gt;&gt;&gt; but it might be interesting to try this:<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; Since all the tsdb instance is (before you use it) is just a set of<br>
&gt;&gt;&gt; empty files + copies of the item and relations files, you could simply<br>
&gt;&gt;&gt; make the instance yourself on the command line and then see if tsdb can<br>
&gt;&gt;&gt; recognize and already created one.  Perhaps this would give a clue as to<br>
&gt;&gt;&gt; whether the issue is in creating files or if reading files is affected<br>
&gt;&gt;&gt; too.<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; I think the usual directory structure is:<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; $DATABASEROOT/NAME_OF_GRAMMAR/NAME_OF_TS/DATE/lkb/<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; Then, inside that final dir, you just put a copy of item and relations<br>
&gt;&gt;&gt; plus empty files with the following names:<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; jcrowgey@citrus:~/Desktop/alexsugar/tsdb$ ls -la<br>
&gt;&gt;&gt; anonymous/alex/14-09-06/lkb<br>
&gt;&gt;&gt; total 56<br>
&gt;&gt;&gt; drwxr-xr-x 2 jcrowgey jcrowgey  4096 Sep  6 13:14 .<br>
&gt;&gt;&gt; drwxr-xr-x 4 jcrowgey jcrowgey  4096 Sep  6 13:15 ..<br>
&gt;&gt;&gt; -rw-r--r-- 1 jcrowgey jcrowgey     0 Sep  6 13:14 analysis<br>
&gt;&gt;&gt; -rw-r--r-- 1 jcrowgey jcrowgey     0 Sep  6 13:14 decision<br>
&gt;&gt;&gt; -rw-r--r-- 1 jcrowgey jcrowgey     0 Sep  6 13:14 edge<br>
&gt;&gt;&gt; -rw-r--r-- 1 jcrowgey jcrowgey     0 Sep  6 13:14 fold<br>
&gt;&gt;&gt; -rw-r--r-- 1 jcrowgey jcrowgey 36234 Sep  6 13:14 item<br>
&gt;&gt;&gt; -rw-r--r-- 1 jcrowgey jcrowgey     0 Sep  6 13:14 item-phenomenon<br>
&gt;&gt;&gt; -rw-r--r-- 1 jcrowgey jcrowgey     0 Sep  6 13:14 item-set<br>
&gt;&gt;&gt; -rw-r--r-- 1 jcrowgey jcrowgey     0 Sep  6 13:14 output<br>
&gt;&gt;&gt; -rw-r--r-- 1 jcrowgey jcrowgey     0 Sep  6 13:14 parameter<br>
&gt;&gt;&gt; -rw-r--r-- 1 jcrowgey jcrowgey     0 Sep  6 13:14 parse<br>
&gt;&gt;&gt; -rw-r--r-- 1 jcrowgey jcrowgey     0 Sep  6 13:14 phenomenon<br>
&gt;&gt;&gt; -rw-r--r-- 1 jcrowgey jcrowgey     0 Sep  6 13:14 preference<br>
&gt;&gt;&gt; -rw-r--r-- 1 jcrowgey jcrowgey  9746 Sep  6 13:14 relations<br>
&gt;&gt;&gt; -rw-r--r-- 1 jcrowgey jcrowgey     0 Sep  6 13:14 result<br>
&gt;&gt;&gt; -rw-r--r-- 1 jcrowgey jcrowgey     0 Sep  6 13:14 rule<br>
&gt;&gt;&gt; -rw-r--r-- 1 jcrowgey jcrowgey     0 Sep  6 13:14 run<br>
&gt;&gt;&gt; -rw-r--r-- 1 jcrowgey jcrowgey     0 Sep  6 13:14 score<br>
&gt;&gt;&gt; -rw-r--r-- 1 jcrowgey jcrowgey     0 Sep  6 13:14 set<br>
&gt;&gt;&gt; -rw-r--r-- 1 jcrowgey jcrowgey     0 Sep  6 13:14 tree<br>
&gt;&gt;&gt; -rw-r--r-- 1 jcrowgey jcrowgey     0 Sep  6 13:14 update<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; I don&#39;t know if it will help, but if you can initialize your own<br>
&gt;&gt;&gt; instance and tsdb is able to read it, that might help you go ahead with<br>
&gt;&gt;&gt; your grammar testing and it might help &quot;developers&quot; get an idea of what<br>
&gt;&gt;&gt; part of the program is going wrong.<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; Sorry I don&#39;t have anything better for you,<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; --Joshua<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; On 09/05/2014 05:01 PM, Alexander Sugar wrote:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; I don&#39;t see any error messages appearing either in STDERR (which I<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; assume is the bar at the bottom-right of the [tsdb()] window) or emacs<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; (which I used to start tsdb).<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; I&#39;m attaching my &#39;item&#39; and &#39;relations&#39; files. Thanks a lot for looking<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; at<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; them.<div><div><br>
&gt;&gt;&gt;&gt; - Alec<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; On 9/5/14, Joshua Crowgey &lt;<a href="mailto:jcrowgey@u.washington.edu" target="_blank">jcrowgey@u.washington.edu</a>&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; I see.  In fact, now that I think about it, the fact that your<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; testsuite<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; appears under File &gt; Create seems to indicate that skeletons and<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Index.lisp are correct.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; When you click on your testsuite under File &gt; Create and nothing<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; appears<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; in the window, is there any text or error messages that appear in<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; STDERR<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; or in emacs (if you started tsdb using the emacs interface)?<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Also, if you want to send me your &#39;item&#39; and &#39;relations&#39; files I can<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; try<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; to replicate your error on my system.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; --Joshua<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; On 09/05/2014 03:37 PM, Alexander Sugar wrote:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Hi Joshua,<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;      Thanks for offering your help. I just double checked, and my<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; skeletons directory indeed has Relations (with a capital &#39;R&#39;) and<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Index.lisp. The latter points to the folders &#39;testsuite&#39; and<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &#39;testcorpus&#39;, which each contain an &#39;item&#39; and &#39;relations&#39; file.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; - Alec<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; On 9/5/14, Joshua Crowgey &lt;<a href="mailto:jcrowgey@u.washington.edu" target="_blank">jcrowgey@u.washington.edu</a>&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Hi Alex,<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; I&#39;m not super-fluent with tsdb, but just to make sure you tried it:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; have<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; you double-checked that the skeletons root is set correctly?  It<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; should<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; be pointing to a directory that contains Relations and Index.lisp<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; where<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Relations gives the schema for the fields in the tsdb profiles and<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Index.lisp gives paths to testsuites.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; --Joshua<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; On 09/05/2014 12:01 PM, Alexander Sugar wrote:<br></div></div><div><div>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; To whom it may concern,<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;      I am a graduate student at the University of Washington<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; learning<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; how to use Delph-in tools like [incr tsdb()]. Recently, when I try<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; to<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; process my small uig grammar in [incr tsdb()], I see my test suite<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; and<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; one test corpus under File &gt; Create. After clicking &#39;create&#39;,<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; however,<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; no test suite instances appear in my window. Could you please help<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; me<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; fix this problem?<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Thank you,<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Alexander Sugar<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;<br>
</div></div></div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><span><div><br></div>-- <br>Emily M. Bender<br>Associate Professor<br>Department of Linguistics<br>Check out CLMS on facebook! <a href="http://www.facebook.com/uwclma" target="_blank">http://www.facebook.com/uwclma</a><br>
</span></div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div></div></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888">-- <br><span style="font-size:12px"><span style="border-collapse:separate;color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px"><span style="border-collapse:separate;color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px"><div>David Brodbeck</div><div>System Administrator, Linguistics</div><div>University of Washington</div></span></span></span>
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</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><span style="font-size:12px"><span style="border-collapse:separate;color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px"><span style="border-collapse:separate;color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px"><div>David Brodbeck</div><div>System Administrator, Linguistics</div><div>University of Washington</div></span></span></span>
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